Sauvegarde des lignées femelles en Ânes des Pyrénées

L'association des ânes et mulets des Pyrénées a sollicité le Conservatoire des Races d'Aquitaine pour mener une étude sur la diversité génétique des lignées femelles.
Le constat est alarmant : 42% des familles ont déjà disparu et 59% des familles restantes sont en grand danger de disparition.
Un progamme de sauvegarde des familles restantes est alors mis en place.

Introduction

Dans les populations d’élevage à effectif limité, il est habituel de constater une sélection de certaines familles au détriment des autres. Qu’il soit volontaire (choix sur des critères de sélection) ou involontaire (par méconnaissance des origines), l’impact est important sur la structure génétique de la race avec plusieurs conséquences notamment en raison de l’augmentation de la consanguinité et de la perte de variabilité génétique. La consanguinité favorise l’expression de tares héréditaires et diminue la vigueur hybride des animaux. La variabilité génétique est, quant à elle, précieuse : composante du progrès génétique, elle détermine l’aptitude des populations à répondre à des changements dans les objectifs de sélection, comme l’introduction de nouveaux caractères. La gestion de la variabilité génétique d’une population concerne à la fois la maîtrise de la consanguinité et des ressources génétiques présentes au sein même de la population. 

Avec ses 131 ânesses saillies en 2020 (Données SIRE), la race Âne des Pyrénées (APY) est une race à petit effectif menacée. A ce titre, elle doit bénéficier d’un programme de conservation comprenant un volet de gestion génétique. Un des objectifs prioritaires est de préserver durablement une variabilité génétique optimale tout au long de la phase de conservation, de propagation puis ensuite du développement d’une population. C’est l’enjeu de la veille génétique sur les populations et de la mise en place de plans d’accouplement pour éviter la perte des familles et des lignées fondatrices tout en assurant un niveau de consanguinité compatible avec la dynamique de la population et le développement de la race. Ces programmes de gestion doivent s’appuyer sur l’état des connaissances en matière de reproduction et de génétique. Le patrimoine génétique se transmet entre générations selon deux modalités différentes : par l’ADN « nucléaire » qui provient pour partie du père et de la mère mais également par l’ADN « mitochondrial » qui est exclusivement issu de la mère et de la lignée maternelle (cf. Figure 2). C’est pourquoi, un programme de conservation ne peut en aucun cas s’appuyer exclusivement sur la préservation des origines mâles et doit impérativement se préoccuper de conserver les origines femelles.

Or, la voie mâle est, la majorité du temps, considérée comme prépondérante notamment par sa supériorité dans la vitesse de diffusion du progrès génétique. C’est pourquoi la plupart des actions de conservation se sont portées sur la conservation et la diffusion de la génétique par la voie mâle à tel point que la voie femelle a été oubliée dans de nombreux programmes. L’association Nationale Anes et Mulets des Pyrénées a fait appel au Conservatoire des races d’Aquitaine (CRA) pour compléter les connaissances concernant les femelles à l’origine du programme de sauvegarde et faire le point sur leurs descendantes afin d’éviter au maximum l’érosion génétique. En effet, le Conservatoire des Races d’Aquitaine a acquis une expertise sur le sujet puisqu’il mène depuis 30 ans des programmes de conservation basés aussi bien sur le suivi des origines femelles que des origines mâles. Des études du même type ont déjà été réalisées par le CRA sur plusieurs populations : poney Landais, race bovine Bordelaise, race bovine Béarnaise, race bovine Marine. Le travail ci-dessous reprend les étapes de cette étude et en synthétise les principales conclusions. L’objectif ultime de ce travail sera d’identifier les ânesses porteuses d’une diversité génétique importante et de favoriser leur reproduction en race pure afin de limiter l’érosion génétique de la population.

1. Etude des familles fondatrices 

A. Définition des familles : femelles fondatrices

 L’étude de la voie femelle a été réalisée à partir de l’arbre généalogique de chacune des femelles. Pour chaque ânesse, la généalogie est étudiée jusqu’à sa racine. La première ânesse à la racine de l’arbre est considérée comme fondatrice. Ces fondatrices peuvent être de race pure ou d’origine inconnue. Leur ascendance n’est pas connue mais cela ne veut pas dire qu’elles n’ont effectivement aucune ascendance commune avec les autres ânesses. Afin de limiter ce risque et se rapprocher au maximum de l’idée que les fondateurs n’ont aucun gène commun (donc aucune parenté) (VERRIER, 1992), l’analyse a été limitée aux ânesses fondatrices nées avant 1997, date d’établissement du premier Stud Book.

 B. Etat des lieux des familles 

L’étude s’est focalisée uniquement sur les femelles de moins de 25 ans, en effet les chances de retrouver des ânesses plus âgées en capacité de reproduire sont très faibles. Toutes les ânesses ont été associées à une famille (dont le nom est celui de la mère fondatrice à la racine), de cette façon il a été possible de compter le nombre d’ânesses vivantes pour chacune des familles. Cette approche par famille fondatrice donne un état de l’érosion de la diversité génétique de la race. ➔ Le nombre de familles représentées en race APY est passé de 186 avant 1997 à 107 en 2021 (cf. Figure 3). Ainsi, 79 familles fondatrices se sont éteintes ce qui représente une perte de 42 % des origines femelles. 

C. Définition des niveaux de risque et des priorités d’intervention

 Une hiérarchisation des niveaux de risque a été établie afin de mettre en place des priorités d’intervention. Pour cela, l’âge des ânesses ainsi que le nombre d’ânesses vivantes par famille ont été pris en compte pour définir un niveau de risque de la famille. A partir des deux paramètres (nombre de ânesse/famille et âge des ânesses), le statut de chaque famille a été établi qui a été associé à un niveau de risque de disparition de la famille sur une échelle allant de « très menacée » à « courante » (non menacée) (cf. Tableau 1). Des priorités d'intervention ont été définies pour chacun des niveaux de risque et pour chaque ânesse en fonction de sa famille d’origine et de son âge (cf. Tableau 1). Cette hiérarchisation des niveaux de risque a permis d'établir le plan d'actions de sauvetage qui sera mis en œuvre dans les suites immédiates de ce travail. Chaque ânesse a été affectée d’un niveau de priorité établi selon différents critères présentés ci-dessous (cf. Tableau 1) : le niveau de priorité de la famille, l’âge de l’ânesse et le nombre de ânesses vivantes dans la famille. 

➔ Cette analyse met en évidence 63 familles très menacées dont 27 menacées de disparition immédiate et 36 avec un risque très élevé de disparition (cf. Tableau 2).

Les résultats ont mis en évidence un certain nombre de situations qui relèvent de l'urgence. Dans le cadre de ce travail, une stratégie opérationnelle a été proposée afin de tenter des actions de sauvegarde sur des animaux en situation préoccupante. 

D. Identification des ânesses d’intérêt 

Les ânesses d'intérêt prioritaire ont été identifiées. Les actions de sauvegarde ont été lancées et les ânesses de familles très menacées (priorités 1 et 2) ont fait l’objet d’investigations particulièrement poussées. 

2. Plan d’action et de sauvegarde

A. Définition des actions de sauvegarde 

Cette hiérarchisation des niveaux de risque a permis d'établir le plan d'actions de sauvetage (cf. Tableau 3) qui a été mis en œuvre dès 2020. Le travail s’est concentré sur les familles très menacées. 

B. Localisation des ânesses 

La base de données de l’IFCE mise à disposition de l’association nationale ânes et mulets des Pyrénées a permis d’avoir accès aux coordonnées des propriétaires des animaux et de prendre contact avec eux. Dans un premier temps l’étude s’est focalisée sur les ânesses de priorité 1 et 2, issues de familles très menacées. Comme indiqué dans le plan d’actions (cf. Tableau 3), le travail a consisté à localiser les ânesses dont la famille est menacée de disparition immédiate. C’est pourquoi pour chaque femelle d’intérêt, il était indispensable de contacter les propriétaires détenteurs actuels des ânesses en question afin de les informer de la démarche, de les sensibiliser à la situation de leur ânesse mais aussi pour collecter des informations sur chacune des familles et femelles fondatrices. L’aide des administrateurs de l’association, ayant une bonne connaissance de la population, a été précieuse. Dans certains cas, le recours à une recherche plus moderne grâce à l’annuaire en ligne ou encore aux réseaux sociaux a été utilisé. De nombreuses ânesses n’ont pas pu être localisées car le contact n’a pas pu être établi avec le propriétaire. Cependant, la liste des ânesses prioritaires dont les coordonnées sont inconnues a été diffusée auprès de l’Association Nationale ânes et mulets des Pyrénées et l’Association d’Occitanie des éleveurs d’ânes et mulets des Pyrénées pour diffusion auprès de leurs adhérents (cf. annexes 1 et 2). 

C. Mise à la reproduction 

Chaque propriétaire d’ânesse prioritaire qui a pu être contacté et informé de la situation de son ânesse ainsi que de l’importance de la mettre à la saillie. Après cet entretien, il a été proposé, à chacun des propriétaires contactés, une stratégie personnalisée en vue de favoriser la mise à la reproduction de son ânesse comprenant une aide logistique, une aide dans le choix du baudet, la mise à disposition ou le rapprochement de baudet, le rachat de l’ânon, etc… Dans le cas des éleveurs qui ne souhaiteraient pas s’engager dans un programme de reproduction, le rachat de l’ânesse a été proposé. 

D. Sensibilisation 

Le maintien de la diversité génétique de la population âne des Pyrénées doit être une préoccupation partagée par l’ensemble des éleveurs de la race. Des réunions d’information seront donc nécessaires pour restituer l’étude réalisée ici et sensibiliser tous les éleveurs. Les restitutions seront donc programmées à plusieurs reprises à l’occasion des réunions de l’association d’éleveurs. En 2020, une présentation de l’avancée du travail avait été faite au Conseil d’administration de l’association nationale le 24 juillet 2020. Pour compléter cette information, une affiche de sensibilisation a été réalisée et sera envoyée à tous les détenteurs référencés d’Ane des Pyrénées (cf. annexe 3). 

CONCLUSION 

La population APY, bien qu’elle possède un réservoir génétique, a subi une forte érosion depuis le début de la mise en place du plan de sauvegarde. Le challenge à relever dans les années à venir est d’assurer la transmission du plus grand nombre de gènes présents dans la population aux générations futures. Le plan d’actions présenté ici permet de sécuriser les familles les plus menacées afin de limiter au maximum l’érosion de la base génétique femelle.

Pour retrouver la sy,tèse compète avec les tableaux, graphiques et illustrations, cliquez sur le lien suivant :

synthse-tude-apy.pdf

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